Otro hecho importante en la Liga 2006-07 fue que el Villarreal logró, tras 8 temporadas, derrotar al único grande de España que se le resistía: en la jornada 20, venció en El Madrigal por 1-0 al Real Madrid con el gol de Marcos García, tras asistencia del jugador chileno Matías Fernández. Gracias a él, el Deportivo subió a Primera División y ganó su primera Copa del Rey además de dos subcampeonato de Liga y las primeras participaciones del club en Europa.
